Alain Chavaillaz studia clarinetto presso il Conservatorio di Friborgo ed in seguito presso quello di Losanna nella classe di Frédéric Rapin ottenendo un diploma da concerto nel 2002.
Completa in seguito la sua formazione musicale a Losanna presso Hervé Klopfenstein per quanto riguarda la direzione d'orchestra e William Blank per l'orchestrazione. Interessato dalla musica antica, si avvicina agli strumenti storici con Pierre-André Taillard con il quale studia presso la Schola Cantorum de Basilea.
Parallelamente alle sue attività, frequenta l'Uniersità di Friborgo fino al 200 quando ottiene una licenza in diritto. Lavora in seguito per cinque anni in qualità di giurista presso la direzione della Dipartimento di Giustizia del Canton Friborgo.
Clarinettista particolarmente attivo nell'ambito della musica da camera, si è frequentemente esibito in Svizzera e all'estero con il gruppo Triade che ha fondato nel 1997 e con il quale ha al suo attivo innumerevoli registrazioni aventi il label Classico. Suona pure con il quintetto a fiati Melini e il gruppo Altaïr il cui scopo è la promozione e la produzione musicale svizzera. Con quest'ultimo crea « Strigoaicaria », opera del compositore Thierry Besançon su un libretto di Eörs Kisfaludy.
Nel 2007 viene nominato direttore della Scuola di Musica di Pully. A tale funzione si aggiunge nel 2011 quella di aggiunto scientifico al servizio nel campo della musica e delle arti della scena presso la Scuola Uniersitaria di Losanna.